| 车次 | 始发站 | 始发时间 | 出发站 | 开车时间 | 到达站 | 到达时间 | 终点站 | 终到时间 |
| C3782 | 南通 | 06:07 | 南通 | 06:07 | 南京 | 08:42 | 南京 | 08:42 |
| C3762 | 南通 | 06:27 | 南通 | 06:27 | 南京 | 09:09 | 南京 | 09:09 |
| C3155 | 南通 | 07:03 | 南通 | 07:03 | 南京 | 10:48 | 南京 | 10:48 |
| C3158 | 南通 | 07:03 | 南通 | 07:03 | 南京 | 10:48 | 南京 | 10:48 |
| C422 | 启东 | 06:50 | 南通 | 07:42 | 南京 | 10:17 | 南京 | 10:17 |
| C3856 | 上海 | 08:49 | 南通西 | 10:11 | 南京 | 12:48 | 南京 | 12:48 |
| C3860 | 上海 | 09:53 | 南通西 | 11:21 | 南京 | 13:53 | 南京 | 13:53 |
| C3864 | 上海 | 10:20 | 南通西 | 11:46 | 南京 | 14:17 | 南京 | 14:17 |
| D9495 | 南通 | 12:30 | 南通 | 12:30 | 南京 | 16:41 | 南京 | 16:41 |
| D9498 | 南通 | 12:30 | 南通 | 12:30 | 南京 | 16:41 | 南京 | 16:41 |
| C434 | 启东 | 11:44 | 南通 | 12:43 | 南京 | 15:22 | 南京 | 15:22 |
| C3766 | 南通 | 13:18 | 南通 | 13:18 | 南京 | 15:51 | 南京 | 15:51 |
| D9486 | 南通 | 13:38 | 南通 | 13:38 | 南京 | 16:23 | 南京 | 16:23 |
| C426 | 启东 | 14:00 | 南通 | 14:50 | 南京 | 17:42 | 南京 | 17:42 |
| C3868 | 上海 | 13:32 | 南通西 | 15:06 | 南京 | 17:35 | 南京 | 17:35 |
| D9536 | 南通 | 15:15 | 南通 | 15:15 | 南京 | 18:12 | 南京 | 18:12 |
| C3772 | 上海虹桥 | 15:09 | 南通西 | 16:32 | 南京 | 19:09 | 南京 | 19:09 |
| C430 | 启东 | 16:36 | 南通 | 17:24 | 南京 | 20:13 | 南京 | 20:13 |
| K136 | 南通 | 18:33 | 南通 | 18:33 | 南京 | 21:52 | 昆明 | 11:46 |
| K137 | 南通 | 18:33 | 南通 | 18:33 | 南京 | 21:52 | 昆明 | 11:46 |
| C3872 | 上海 | 17:40 | 南通西 | 19:05 | 南京 | 21:28 | 南京 | 21:28 |
| C438 | 启东 | 19:26 | 南通 | 20:14 | 南京 | 22:54 | 南京 | 22:54 |