| 车次 | 始发站 | 始发时间 | 查询站 | 到站时间 | 离站时间 | 终点站 | 终到时间 |
| D12 | 杭州 | 19:48 | 南京 | 00:02 | 00:08 | 北京 | 09:38 |
| D17 | 北京 | 19:16 | 南京 | 04:46 | 04:52 | 杭州 | 09:00 |
| D7 | 北京 | 19:22 | 南京 | 04:52 | 04:58 | 上海 | 07:25 |
| D9 | 北京南 | 19:36 | 南京 | 05:05 | 05:13 | 上海 | 07:46 |
| D11 | 北京 | 21:15 | 南京 | 06:57 | 07:03 | 杭州 | 11:11 |
| D121 | 西安 | 21:16 | 南京 | 09:27 | 09:33 | 上海 | 12:30 |
| D124 | 西安 | 21:16 | 南京 | 09:27 | 09:33 | 上海 | 12:30 |
| D9486 | 南通 | 13:38 | 南京 | 16:23 | - | 南京 | 16:23 |
| D9495 | 南通 | 12:30 | 南京 | 16:41 | - | 南京 | 16:41 |
| D9498 | 南通 | 12:30 | 南京 | 16:41 | - | 南京 | 16:41 |
| D9488 | 南京 | 16:45 | 南京 | - | 16:45 | 南通 | 19:23 |
| D9485 | 南京 | 16:45 | 南京 | - | 16:45 | 南通 | 19:23 |
| D122 | 上海 | 14:13 | 南京 | 16:59 | 17:06 | 西安 | 05:25 |
| D123 | 上海 | 14:13 | 南京 | 16:59 | 17:06 | 西安 | 05:25 |
| D9496 | 南京 | 17:48 | 南京 | - | 17:48 | 南通 | 21:08 |
| D9497 | 南京 | 17:48 | 南京 | - | 17:48 | 南通 | 21:08 |
| D9536 | 南通 | 15:15 | 南京 | 18:12 | - | 南京 | 18:12 |
| D5661 | 南京 | 18:22 | 南京 | - | 18:22 | 上海虹桥 | 20:27 |
| D9538 | 南京 | 19:22 | 南京 | - | 19:22 | 南通 | 22:09 |
| D9535 | 南京 | 19:22 | 南京 | - | 19:22 | 南通 | 22:09 |
| D18 | 杭州 | 17:25 | 南京 | 21:32 | 21:38 | 北京 | 07:07 |
| D5662 | 上海虹桥 | 21:35 | 南京 | 23:37 | - | 南京 | 23:37 |
| D6 | 上海 | 21:15 | 南京 | 23:50 | 23:56 | 北京 | 09:26 |
| D10 | 上海 | 21:21 | 南京 | 23:56 | 00:02 | 北京南 | 09:24 |