| 车次 | 始发站 | 始发时间 | 出发站 | 开车时间 | 到达站 | 到达时间 | 终点站 | 终到时间 |
| D3125 | 淮安东 | 06:55 | 如皋 | 08:45 | 南通西 | 09:05 | 深圳北 | 21:20 |
| D5591 | 阜阳西 | 09:31 | 如皋 | 13:37 | 南通西 | 13:58 | 上海 | 15:27 |
| D5594 | 阜阳西 | 09:31 | 如皋 | 13:37 | 南通西 | 13:58 | 上海 | 15:27 |
| D2138 | 烟台 | 07:44 | 如皋南 | 13:40 | 南通西 | 13:53 | 上海虹桥 | 15:10 |
| D2135 | 烟台 | 07:44 | 如皋南 | 13:40 | 南通西 | 13:53 | 上海虹桥 | 15:10 |
| D3158 | 宜昌东 | 07:55 | 如皋 | 15:18 | 南通 | 15:45 | 南通 | 15:45 |
| D3155 | 宜昌东 | 07:55 | 如皋 | 15:18 | 南通 | 15:45 | 南通 | 15:45 |
| D9493 | 徐州东 | 14:45 | 如皋南 | 17:15 | 南通西 | 17:29 | 上海 | 18:56 |
| D2267 | 重庆北 | 07:32 | 如皋 | 19:35 | 南通西 | 19:56 | 上海虹桥 | 21:19 |
| D2270 | 重庆北 | 07:32 | 如皋 | 19:35 | 南通西 | 19:56 | 上海虹桥 | 21:19 |
| D9535 | 南京 | 19:22 | 如皋 | 21:44 | 南通 | 22:09 | 南通 | 22:09 |
| D9538 | 南京 | 19:22 | 如皋 | 21:44 | 南通 | 22:09 | 南通 | 22:09 |